ไวยากรณ์ของภาษาสันสกฤตมีความซับซ้อนมากกว่าหลาย ๆ ภาษา โดยเฉพาะกฎเกณฑ์การสนธิ แต่ก็นับว่ามีความสอดคล้องกับหลายภาษาในกลุ่มภาษาอินโด-ยูโรเปียน เช่น กรีกหรือละติน อย่างที่กล่าวมาข้างต้น อย่างไรก็ตาม ไวยากรณ์สันสกฤตอาจเทียบเคียงได้กับของภาษาบาลี แต่ยังมีความยุ่งยากและซับซ้อนกว่าพอสมควร

พยัญชนะและสระ

ภาษาสันสกฤตมีรูปอักษร 48 ตัว แบ่งเป็นพยัญชนะ 34 ตัว สระ 14 ตัว การศึกษาภาษาสันสกฤตในประเทศไทย นิยมใช้อักษร 3 ชนิด คือ อักษรไทย อักษรเทวนาครี และอักษรโรมัน ในที่นี้จะแสดงสระและพยัญชนะด้วยอักษรไทย

สระ 14 ตัวได้แก่ อะ อา อิ อี อุ อู เอ โอ ฤ ฤๅ ฦ ฦๅ ไอ เอา แบ่งได้เป็น 3 ขั้นคือ ขั้นปกติ ขั้นคุณ ขั้นพฤทธิ์

พยัญชนะ 34 ตัวแบ่งเป็น 2 กลุ่มคือ

• พยัญชนะวรรค แบ่งเป็น 5 วรรค รวม 25 ตัว คือ
  • วรรค กะ เสียงเกิดที่คอ ได้แก่ ก ข ค ฆ ง
  • วรรค จะ เสียงเกิดที่เพดาน ได้แก่ จ ฉ ช ฌ ญ
  • วรรค ฏะ เสียงเกิดที่ปุ่มเหงือก ได้แก่ ฏ ฐ ฑ ฒ ณ
  • วรรค ตะ เสียงเกิดที่ฟัน ได้แก่ ต ถ ท ธ น
  • วรรค ปะ เสียงเกิดที่ริมฝีปาก ได้แก่ ป ผ พ ภ ม
• พยัญชนะอวรรค 9 ตัว แบ่งเป็น
  • เสียงกึ่งสระ ได้แก่ ย เสียงเกิดที่เพดาน ร เสียงเกิดที่ปุ่มเหงือก ล เสียงเกิดที่ฟัน ว เสียงเกิดที่ริมฝีปาก
  • เสียงเสียดแทรก ได้แก่ ศ เสียงเกิดที่เพดาน ษ เสียงเกิดที่ปุ่มเหงือก ส เสียงเกิดที่ฟัน
  • เสียงหนักมีลม ได้ แก่ ห
  • ฬ และ อัง(อํ)

พยัญชนะไทยที่เขียนลำพังโดยไม่มีสระอื่นถือว่ามีเสียงอะ ถ้ามีจุดข้างล่างถือว่าไม่มีเสียงสระ

คำนาม

ภาษาสันสกฤตเป็นภาษาที่มีการลงวิภัตติปัจจัย แจกนามได้ถึง 8 การก {แบ่งเป็น 3 พจน์ (เอกพจน์, ทวิพจน์, พหูพจน์) และสามเพศ (สตรีลิงค์, ปุลลิงก์ และนปุงสกลิงก์) }

คำกริยา

สำหรับกริยา (ธาตุ) ในภาษาสันสกฤตนั้นมีความซับซ้อนยิ่งกว่าคำนาม กล่าวคือ จำแนกกริยาไว้ถึง 10 คณะ แต่ละคณะมีการเปลี่ยนรูป (เสียง) แตกต่างกันไป กริยาเหล่านี้จะแจกรูปตามประธาน 3 แบบ (ปฐมบุรุษ, มัธยมบุรุษ และอุตมบุรุษ) นอกจากนี้กริยายังต้องแจกรูปตามกาล (Tense) 6 ชนิด และตามมาลา (Mood) 4 ชนิด